| NUMMER: | 202621 |
| KÜRZEL: | MPBigData |
| MODULBEAUFTRAGTE:R: | Prof. Dr. Axel Mosig |
| DOZENT:IN: | Prof. Dr. Axel Mosig |
| FAKULTÄT: | Fakultät für Biologie |
| SPRACHE: | Deutsch |
| SWS: | 4 SWS |
| CREDITS: | 5 CP |
| ANGEBOTEN IM: | jedes Semester |
PRÜFUNGEN
| FORM: | Semesterbegleitend; Praktische Prüfung: Protokoll, Dokumentation der praktischen Aufgabe |
| TERMIN: | Siehe Prüfungsamt. |
LERNFORM
Einführung als seminaristischer Unterricht, Bearbeitung der praktischen Aufgabe selbständig
oder als Gruppenarbeit
LERNZIELE
Nach dem erfolgreichen Abschluss des Moduls∙ können Studierende praktischen Herausforderungen bei der Entwicklung von
Bioinformatik-Anwendungen begegnen,
∙ haben die Studierenden Programmier-Bibliotheken aus dem Bereich Bioinformatik kennen
gelernt
∙ haben Studierenden die Verwendung von Workflow-Systemen eingeübt
∙ haben Studierende die Mechanismen von Code- und Programm-Dokumentation eingeübt
∙ haben Studierende Verfahren zur Bereitstellung eigener Libraries (z. B. R-Pakete, .jar-
Files) angewendet
Vermittelte Kompetenzen:
Fachspezifische Kompetenzen:
∙ Programmieren von Lösungen für bioinformatische Anwendungen
∙ Umgang mit Standard-Werkzeugen / -Formaten und Programmier-Bibliotheken der
Bioinformatik
∙ Umgang mit größeren Datenmengen
Generische Kompetenzen:
∙ instrumentale Kompetenzen
– Projekt- und Zeitmanagement mit digitalen Tools
– Wissenschaftlich gegliederte Dokumentation
∙ systemische Kompetenzen
– Teamarbeit und Teamfähigkeit
– Selbständiges Lernen und Arbeiten
∙ kommunikative Kompetenzen
– Präsentation wissenschaftlicher Ergebnisse
– Vermittlung der in der Bioinformatik angewandten englischen Fachbegriffe
– Rhetorik und sprachliche Kompetenz (deutsch / englisch)
INHALT
Die Bioinformatik wendet naturgemäß Informatik-Methoden auf die Daten eines lebenswissenschaftlichenAnwendungsfaches an, stellt also per se angewandte Digitalisierung dar. Das
Praktikum vermittelt Grundlagen der Programmierung mit Bezug zu lebenswissenschaftlichen
Anwendungen mit großen Datenmengen. Dies geschieht anhand aktueller Beispiele aus
den Themengebieten Bildverarbeitung und Sequenzanalyse. Nach einer kurzen Einführung
(Präsenztreffen) in Programmierung und Entwicklungsumgebungen (z. B. Java, R, C++,
eclipse, RStudio, Python, Matlab) werden praktische Programmieraufgaben ausgegeben und
im Laufe des Semesters bearbeitet, ggfls. mit weiteren Präsenztreffen zur Diskussion des Fortschritts.
VORAUSSETZUNGEN CREDITS
Protokoll (siehe Prüfungsformen), Bearbeitung / Dokumentation der praktischen Aufgabe,Teilnahme an den Präsenztreffen, Abschlusspräsentation (15 min. + 5 min. Diskussion)